Bankowy Fundusz Gwarancyjny oprócz gwarantowania depozytów udziela pomocy finansowej ukierunkowanej na zapobieganie upadłościom banków, znajdujących się w sytuacji niebezpieczeństwa niewypłacalności.

Działalność pomocowa finansowana jest ze środków własnych BFG, gromadzonych w ramach funduszu pomocowego. Na fundusz ten wpływają opłaty roczne, wnoszone przez banki objęte systemem gwarantowania oraz spłaty wcześniej udzielonych pożyczek.

Dodatkowym źródłem pomocy udzielanej przez Fundusz są środki zgromadzone w ramach tzw. funduszu restrukturyzacji banków spółdzielczych (frbs), przekazane z Banku Gospodarki Żywnościowej S.A. oraz z banków zrzeszających banki spółdzielcze, na podstawie ustawy z dnia 7 grudnia 2000 r. o funkcjonowaniu banków spółdzielczych, ich zrzeszaniu się i bankach zrzeszających.